Weryfikacja taka polega na rozliczeniu otrzymanych w ciągu okresu rozliczeniowego transz rekompensaty, w oparciu o koszty rzeczywiście poniesione i faktycznie uzyskane przez operatora przychody, na podstawie których ustalana jest należna operatorowi kwota rekompensaty. Przy tym przeprowadza się ją zazwyczaj w kilku etapach, z których ostatnim co do zasady powinno być sprawdzenie przygotowanego przez operatora rocznego rozliczenia rekompensaty, dokonanego przez audytora – podmiot zajmujący się profesjonalnie wykonywaniem audytu finansowego i posiadający doświadczenie w branży transportowej. W wyniku przeprowadzonego badania, audytor sporządzi i przekaże raport operatorowi oraz organizatorowi transportu publicznego, który będzie wskazywał ostateczną wartość rekompensaty należnej operatorowi za dany okres rozliczeniowy. Jeżeli dojdzie do ustalenia, że wysokość wypłaconej rekompensaty przewyższa wysokość rekompensaty faktycznie należnej, wówczas nadwyżka podlega zwrotowi. Z kolei, jeżeli wysokość wypłaconej rekompensaty jest niższa niż wysokość rekompensaty faktycznie należnej, niedopłata rekompensaty jest wypłacana operatorowi. Takie rozliczenie rekompensaty wiąże się natomiast z określonymi skutkami podatkowymi, o których mowa będzie poniżej.
Rekompensata w swojej istocie jest dotacją otrzymaną z budżetu jednostki samorządu terytorialnego, wobec czego wydatki i koszty bezpośrednio finansowane z rekompensaty nie stanowią dla operatora kosztów uzyskania przychodu. W przypadku, gdy z rocznego rozliczenia rekompensaty wynika, iż w danym okresie rozliczeniowym operatorowi została wypłacona rekompensata w kwocie przewyższającej kwotę rzeczywiście mu należną, operator zwraca organizatorowi kwotę przewyższającą należną rekompensatę. W danym okresie rozliczeniowym może zdarzyć się również sytuacja odwrotna, gdy operatorowi została wypłacona rekompensata niepokrywająca należnej kwoty wynikającej z rocznego rozliczenia rekompensaty. W tym przypadku organizator jest zobowiązany przekazać operatorowi brakującą kwotę rekompensaty.
Takie działanie powoduje po stronie operatora konieczność dokonania korekty kosztów uzyskania przychodów z prowadzonej działalności. Skoro bowiem rekompensata nie pokrywała w pełni kosztów prowadzonej przez niego działalności, operator pokrywał pewne wydatki związane z prowadzoną przez siebie działalnością gospodarczą z własnych środków i zaliczał je do kosztów uzyskania przychodów. Należy mieć także na uwadze, że może zdarzyć się, że wśród wydatków pokrytych rekompensatą znalazły się takie, które z definicji nie są kosztem podatkowym, teoretycznie więc z podatkowego punktu widzenia źródło ich pokrycia jest bez znaczenia. Niemniej każdą z powyższych sytuacji należy odpowiednio zweryfikować.
O ile na moment ustalania kosztów uzyskania przychodu opisane wyżej działanie było zgodne z prawem, to w momencie wypłaty brakującej kwoty rekompensaty operator powinien odpowiednio skorygować koszty uzyskania przychodu, co wynika z faktu, że wydatki sfinansowane z rekompensaty nie stanowią dla organizatora kosztów uzyskania przychodu.
W opisanych przypadkach, problemem dla operatora może być określenie, na jaki moment powinien dokonać korekty – czy wstecz, za okres, w którym poniósł określone koszty, czy też może na bieżąco. Tym bardziej, że dopiero od stycznia 2016 roku mamy w tym zakresie stosowną ustawową regulację. Pomocna w rozwiązaniu tego problemu jest również aktualnie prezentowana przez organy podatkowe i sądy administracyjne linia interpretacyjna, zgodnie z którą korekty kosztów poniesionych w latach poprzedzających rok, w którym organizator otrzymał wypłatę brakującej kwoty rekompensaty, dokonywać należy na bieżąco.