Problemy „aut z kratką” rozpoczęły się po 1 maja 2004 r., czyli po wejściu Polski do Unii Europejskiej. Po korzystnym dla podatników wyroku z dnia 22 grudnia 2008 r. Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości (obecnie Trybunał Sprawiedliwości UE) w sprawie Magoora, Minister Finansów w praktyce dopuścił pełne odliczenie VAT związanego z samochodami z tzw. kratką. Odliczenie podatku VAT przy ich nabyciu następuje zgodnie z art. 86-88 ustawy VAT.Oznacza to, że do chwili zmiany przepisów nabycie samochodu z tzw. kratką, który kwalifikuje się do pełnego odliczenia podatku VAT, uprawnia podatnika do skorzystania z tego prawa na obowiązujących zasadach.

Dnia 16 listopada 2009 r. wpłynęło do Sekretariatu Generalnego Komisji pismo, w którym Rzeczpospolita Polska wystąpiła z wnioskiem o upoważnienie do wprowadzenia środka stanowiącego odstępstwo od art. 26 ust. 1 lit. a) i art. 168 dyrektywy VAT. Środek ten miał polegać na ograniczeniu prawa do odliczenia podatku naliczonego związanego z nabyciem niektórych pojazdów samochodowych oraz paliwa wykorzystywanego do jego napędu. Następnie 7 czerwca 2010 r. Rada wydała decyzję wykonawczą (2010/0161 (NLE) upoważniająca Polskę do wprowadzenia szczególnego środka stanowiącego odstępstwo od art. 26 ust. 1 lit. a) i art. 168 dyrektywy 2006/112/WE w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej. Zgodnie z art. 1 decyzji wykonawczej w ramach odstępstwa od art. 168 dyrektywy VAT Polska została uprawniona do ograniczenia do 60 % prawa do odliczenia podatku VAT należnego z tytułu zakupu, nabycia, przywozu, wynajmu lub leasingu pojazdów, do maksymalnej kwoty 6 tys. zł.

Ograniczenie to ma zastosowanie do pojazdów o dopuszczalnej ładowności powyżej 500 kg i dopuszczalnej masie całkowitej nieprzekraczającej 3,5 tony. Decyzja ta straci moc z dniem 31 grudnia 2013 r. Z analizy projektu ustawy o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług wynika, że podatnicy którzy do dnia wejścia w życie ustawy nowelizującej nabędą „auta z kratką” i nabędą prawo do odliczenia podatku VAT w pełnej wysokości nie będą musieli dokonywać korekty takiego odliczenia. Mocą ustawy nowelizującej podatnicy utracą jednak prawo do odliczania VAT od paliwa używanego do napędu „aut z kratką”.

W przypadku nabycia „auta z kratką” w grudniu 2010 r. i jego fizycznym odbiorze dopiero w 2011 r. zastosowanie będą miały przepisy ustawy w brzmieniu sprzed nowelizacji. Podatnicy, którzy obecnie posiadają samochód z kratką, po wprowadzeniu zmian w VAT w 2011 r. staną przed dylematem, czy usunięcie kratki nie spowoduje konieczności skorygowania odliczonego podatku. W przypadku gdy w pojeździe (dla którego wydano zaświadczenie przez stację kontroli pojazdów) zostałaby usunięta „kratka”, podatnik obowiązany jest do pisemnego zawiadomienia naczelnika urzędu skarbowego o tych okolicznościach w terminie 7 dni od ich zaistnienia. Jeżeli demontaż (zmiany), zostaną dokonane w okresie 12 miesięcy licząc od miesiąca, w którym otrzymano fakturę lub dokument celny, podatnik jest obowiązany do skorygowania kwoty podatku naliczonego w całości w rozliczeniu za okres, w którym dokonano tych zmian w drodze złożenia korekty deklaracji VAT-7. Pozostanie podatnikom do rozstrzygnięcia kwestia czy warto demontować kratkę, skoro po 2012 r. prawo do odliczenia VAT od paliwa winno powrócić, a powtórna instalacja kratki w samochodzie może okazać się problematyczna.