Zgodnie z ustawą o podatku od towarów i usług (dalej jako: ustawa o VAT) pod pojęciem magazyn konsygnacyjny, należy rozumieć wyodrębnione u podatnika zarejestrowanego jako podatnik VAT UE miejsce przechowywania na terytorium kraju (Polski) towarów należących do podatnika podatku od wartości dodanej przemieszczonych przez niego lub na jego rzecz z terytorium państwa członkowskiego innego niż terytorium kraju do tego miejsca, z którego podatnik zarejestrowany jako podatnik VAT UE, przechowujący towary, pobiera je, a przeniesienie prawa do rozporządzania tymi towarami jak właściciel następuje w momencie ich pobrania.
Ustawowa definicja magazynu konsygnacyjnego, w istocie odpowiada magazynowi typu call-of-stock, który to magazyn prowadzi podmiot będący nabywcą towarów i tylko on towary z owego magazynu pobiera. W praktyce funkcjonują również tzw. składy konsygnacyjne, będące magazynami prowadzonymi przez podmiot trzeci, z których to magazynów towary pobierają różni nabywcy. W teorii magazyn konsygnacyjny określa się jako mieszaną konstrukcję prawną obejmującą elementy umowy komisu, umowy składu oraz umowy sprzedaży.Przedsiębiorca zamierzający prowadzić magazyn konsygnacyjny musi spełnić pewne warunki, które można podzielić na trzy grupy.
Pierwszą grupę stanowią warunki podmiotowe, odnoszące się do cech, jakie muszą wystąpić u obu stron transakcji – dostawcy oraz nabywcy. Dostawcą (podmiotem przemieszczającym towary do magazynu), musi być podatnik podatku od wartości dodanej (np. przedsiębiorca z Niemiec), nieposiadający siedziby, stałego miejsca prowadzenia działalności lub stałego miejsca zamieszkania na terytorium kraju (w Polsce), nie będący zarejestrowany dla celów VAT w Polsce ani jako podatnik czynny, ani jako podatnik zwolniony, a nabywcą towarów, które są przemieszczane do magazynu konsygnacyjnego, musi być prowadzący magazyn konsygnacyjny, będący zarejestrowany jako podatnik VAT UE.
Drugą grupę stanowią warunki odnoszące się do samych towarów będących przedmiotem transakcji. Towary powinny zostać przemieszczone do magazynu położonego w Polsce z terytorium państwa członkowskiego innego niż terytorium kraju. Przepisy ustawy o VAT stawiają wymogi, aby towary te stanowiły własność dostawcy. Towary nabywane poprzez składy konsygnacyjne nie powinny być przedmiotem odprzedaży przez podmiot prowadzący magazyn (i nabywający wewnątrzwspólnotowo towary).
Trzecią grupę stanowią warunki (obowiązki) natury sprawozdawczo-ewidencyjnej i związane z prowadzeniem dokumentacji dokonywanych transakcji. Polski podatnik, który będzie nabywał wewnątrzwspólnotowo towary poprzez magazyn konsygnacyjny, powinien złożyć naczelnikowi urzędu skarbowego w formie pisemnej zawiadomienie o zamiarze prowadzenia takiego magazynu (powinno ono być złożone przed pierwszym wprowadzeniem towarów do magazynu). Wszelkie dostawy do magazynu, jakie nastąpiły przed dniem złożenia zawiadomienia, będą musiały być traktowane na zasadach ogólnych – jako wewnątrzwspólnotowe przemieszczenie towarów do Polski przez zagranicznego dostawcę i późniejszą dostawę krajową przez niego wykonywaną. Przepisy nie określają wzoru zawiadomienia. Z zawiadomienia powinien wynikać przede wszystkim zamiar prowadzenia magazynu konsygnacyjnego. W zawiadomieniu powinny być zawarte dane obu stron transakcji, tzn. zagranicznego dostawcy oraz polskiego nabywcy. Są to: nazwy, względnie imiona i nazwiska, tych podmiotów, ich podatkowe numery identyfikacyjne (przyznane dla celów VAT; uznać trzeba, że w obu przypadkach powinny być to numery dla celów transakcji wewnątrzwspólnotowych, czyli z przedrostkami i kodem kraju), adresy siedziby (miejsca zamieszkania). Zawiadomienie powinno także określać adres, pod którym znajduje się magazyn konsygnacyjny, jak również oświadczenie unijnego dostawcy, że zamierza dokonywać przemieszczenia należących do niego towarów z innego państwa członkowskiego do magazynu konsygnacyjnego. W oświadczeniu wskazuje się prowadzącego magazyn konsygnacyjny. Powinno ono być podpisane przez unijnego dostawcę (osobę go reprezentującą). Jeżeli zawiadomienie ma braki formalne (nie spełnia wymogów określonych przepisami), wówczas naczelnik urzędu skarbowego, w terminie 7 dni od dnia otrzymania zawiadomienia, wzywa do jego uzupełnienia. Jeżeli w zakresie danych objętych zawiadomieniem będą miały miejsce zmiany, podatnik (prowadzący magazyn konsygnacyjny) ma obowiązek zawiadomienia w formie pisemnej naczelnika urzędu skarbowego o tych zmianach w terminie 30 dni od dnia zaistnienia zmian. Podatnik, który prowadzi magazyn konsygnacyjny jest obowiązany prowadzić bieżącą ewidencję tych towarów (przepisy nie określają obowiązującego wzoru tej ewidencji).
Zgodnie z ustawą o VAT w przypadku przemieszczenia towarów do miejsca odpowiadającego magazynowi konsygnacyjnemu w celu ich późniejszej dostawy podatnikowi podatku od wartości dodanej, obowiązek podatkowy powstaje z chwilą dostawy towarów, nie później jednak niż z chwilą wystawienia faktury potwierdzającej tę dostawę podatnikowi podatku od wartości dodanej, pod warunkiem że podatnik podatku od wartości dodanej jest obowiązany wykazać dokonane przemieszczenie towarów w państwie członkowskim zakończenia transportu lub wysyłki oraz dostawę towarów jako wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów w miesiącu, w którym u podatnika powstał obowiązek podatkowy z tytułu tej dostawy.
Powyższe stosuje się po spełnieniu dwóch warunków. Po pierwsze, przemieszczenia towarów dokonuje podatnik, który nie jest zarejestrowany jako podatnik podatku od wartości dodanej w państwie członkowskim zakończenia transportu lub wysyłki towarów (tam, gdzie położony jest magazyn). Jeżeli bowiem okaże się, że jest podatnikiem zarejestrowanym, to może rozliczyć podatek od wartości dodanej należny w tym państwie, w związku z przemieszczeniem do niego towarów i ich późniejszą dostawą. Po drugie, podatnik, który przemieszcza towary do miejsca odpowiadającego magazynowi konsygnacyjnemu, ma obowiązek prowadzić ewidencję towarów przemieszczanych do tego miejsca. Ewidencja powinna zawierać datę przemieszczenia towarów, datę dostawy towarów podatnikowi podatku od wartości dodanej, dane pozwalające na identyfikację towarów. Przepisy nie określają obowiązującego wzoru tej ewidencji.
Obowiązek podatkowy od dokonywanej dostawy powstaje z chwilą dostawy towarów, nie później jednak niż z chwilą wystawienia faktury potwierdzającej tę dostawę podatnikowi podatku od wartości dodanej. Przez „chwilę dostawy” należy rozumieć moment pobrania towarów z zagranicznego magazynu przez ich nabywcę. Jeżeli do dostawy ostatecznie nie dojdzie, przemieszczenia dokonane z Polski do zagranicznego magazynu i następnie z magazynu z powrotem do Polski – są traktowane jako niebyłe.
Zasadą jest, że u polskiego podatnika, który prowadzi magazyn konsygnacyjny i jednocześnie pobiera towary z tego magazynu, obowiązek podatkowy powstaje z chwilą pobrania towarów z magazynu konsygnacyjnego, nie później jednak niż z dniem wystawienia faktury. Polscy nabywcy powinni uczulić zagranicznych kontrahentów, aby w związku z wprowadzeniem swoich towarów do magazynu konsygnacyjnego nie wystawiali faktury. Wówczas bowiem obowiązek podatkowy powstawałby „za wcześnie”, a nie – co jest głównym założeniem przy korzystaniu z magazynów konsygnacyjnych – z chwilą pobrania towarów z magazynu.
Z chwilą, gdy warunki prowadzenia magazynu konsygnacyjnego przestają być spełnione, u podatnika, który przemieścił towary do magazynu konsygnacyjnego, powstaje obowiązek podatkowy w odniesieniu do towarów pozostałych w tym magazynie.
W przypadku, gdy w okresie 24 miesięcy od dnia wprowadzenia towarów do magazynu konsygnacyjnego nastąpi powrotne przemieszczenie przez podatnika podatku od wartości dodanej lub na jego rzecz towarów, które zostały przez niego wprowadzone do magazynu konsygnacyjnego i nie zostały pobrane, nie powstaje obowiązek podatkowy w wewnątrzwspólnotowym nabyciu towarów i w wewnątrzwspólnotowej dostawie towarów w odniesieniu do tych towarów.