Istotną zmianą w obrębie podatku od towarów i usług stało się wykreślenie zwolnienia z opodatkowania tym podatkiem wkładów niepieniężnych wnoszonych do spółek. Konsekwencją powyższego jest obowiązywanie zasady, zgodnie z którą przedmiot wkładu niepieniężnego niebędącego przedsiębiorstwem lub zorganizowaną częścią przedsiębiorstwa podlega opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług według zasad ogólnych jako dostawa towaru lub świadczenie usług. W niektórych wypadkach, z uwagi na przedmiot wkładu niepieniężnego jego wniesienie do spółki pozostanie czynnością obojętną z punktu widzenia opodatkowania podatkiem od towarów i usług.
Wniesienie wkładu niepieniężnego będzie czynnością opodatkowaną tylko w sytuacji, gdy dokonane zostanie przez podatnika podatku od towarów i usług . Zgodnie z art. 15 ust. 1 UVAT podatnikami są osoby prawne, jednostki organizacyjne niemające osobowości prawnej oraz osoby fizyczne, wykonujące samodzielnie działalność gospodarczą, bez względu na cel lub rezultat takiej działalności. Natomiast przez działalność gospodarczą rozumieć należy zgodnie z art. 15 ust. 2 UVAT wszelką działalność producentów, handlowców lub usługodawców, w tym podmiotów pozyskujących zasoby naturalne oraz rolników, a także działalność osób wykonujących wolne zawody, również wówczas, gdy czynność została wykonana jednorazowo w okolicznościach wskazujących na zamiar wykonywania czynności w sposób częstotliwy. Działalność gospodarcza obejmuje również czynności polegające na wykorzystywaniu towarów lub wartości niematerialnych i prawnych w sposób ciągły dla celów zarobkowych.
Z powyższego wynika, że obowiązek podatkowy w związku z wkładem niepieniężnym nie będzie dotyczyć jednostek pozbawionych statusu podatników VAT. Co więcej, nie w każdej sytuacji wkład niepieniężny wnoszony przez podatnika podatku od towarów i usług, którego przedmiot i okoliczności dokonania spełniać będą warunki podlegania opodatkowaniu, będzie czynnością opodatkowaną tym podatkiem. Opodatkowany będzie jedynie wkład niepieniężny wnoszony do spółki w sytuacji, gdy podmiot wnoszący ten wkład występuje w roli wykonującego w ten sposób działalność gospodarczą.
Co do zakresu przedmiotowego opodatkowania, wniesienie konkretnego wkładu niepieniężnego będzie stanowiło przedmiot opodatkowania podatkiem od towarów i usług, jeśli będzie spełniało przesłanki uznania za dostawę towarów lub świadczenie usług. Istotne jest, że stosownie do art. 6 ust. 1 UVAT, przepisów ustawy nie stosuje się do transakcji zbycia przedsiębiorstwa lub zorganizowanej części przedsiębiorstwa. Dlatego też wniesienie tytułem wkładu niepieniężnego przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części nie będzie podlegało opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług. Ponadto w przypadku każdego aportu należy konkretnie – w zależności od jego przedmiotu i okoliczności dokonania rozstrzygnąć co do stawki podatku, jak również co do możliwości zastosowania zwolnień przedmiotowych (np. zwolnienie w sytuacji wniesienia aportem budynku 2 lata po jego pierwszym zasiedleniu).
W niektórych przypadkach mogą powstawać wątpliwości, czy konkretny wkład niepieniężny będzie w ogóle stanowić dostawę towarów bądź świadczenie usług. Z całą pewnością za nieuprawnioną należy uznać tezę, jakoby wszystko co nie stanowi dostawy towarów należy uznać za świadczenie usługi. Posłużyć można się przykładem bardzo częstego w praktyce gospodarczej aportu udziałów lub akcji. Bezdyskusyjnie akcje w spółce nie stanowią towaru. Problematyczne może być rozstrzygnięcie, czy aport udziałów lub akcji nie stanowi świadczenia usług, jako przeniesienie praw do wartości niematerialnych i prawnych. UVAT nie definiuje bowiem pojęcia wartości niematerialnych i prawnych. Należy posiłkować się zatem definicją zawartą w ustawie o podatku dochodowym od osób prawnych, która została skonstruowana w formie zamkniętego katalogu. Katalog ten nie zawiera udziałów i akcji, z czego wnioskować można, że ich wniesienie udziałów i akcji tytułem wkładu niepieniężnego nie stanowi przeniesienia praw do wartości niematerialnych i prawnych, a w konsekwencji – nie jest świadczeniem usług. Jest zatem czynnością niepodlegająca opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług.
Dostawa przedmiotów wkładu niepieniężnego winna zostać udokumentowana fakturą VAT. Sporne jest i nie rozstrzygnięte przez ustawodawcę czy wycena przedmiotu wkładu niepieniężnego dla potrzeb opodatkowania podatkiem od towarów i usług winna być wyceną netto czy wyceną brutto. Wydaje się, że powinna to być wycena netto, to znaczy że do wartości przedmiotu aportu należy doliczyć podatek od towarów i usług według stawki właściwej dla danego prawa będącego przedmiotem dostawy a spółka, do której wnoszony jest wkład niepieniężny powinna zapłacić kwotę podatku wynikającego z faktury wystawionej przez wnoszącego wkład. Podatek wynikający z faktury VAT wystawionej w związku z wniesieniem wkładu niepieniężnego będzie dla spółki, do której wkład jest wnoszony podatkiem naliczonym podlegającym odliczeniu od podatku należnego na ogólnych zasadach.
Po stronie podatku naliczonego, pierwotnie rozliczonego przez wnoszącego wkład niepieniężny, w całości, przy nabyciu towarów i usług będących przedmiotem aportu, wniesienie tych towarów, bądź usług do określonej spółki, w przypadku, gdy będą one opodatkowane podatkiem VAT, nie spowoduje konieczności realizacji korekty podatku naliczonego, ponieważ nabycie to będzie służyć wyłącznie wykonaniu czynności podlegającej opodatkowaniu podatkiem VAT.
Wydaje się, że niezbędne jest wprowadzenie przepisów, w których kwestia opodatkowania wniesienia wkładu niepieniężnego w postaci udziałów lub akcji zostanie wprost uregulowana. Ustawa o podatku od towarów i usług w obecnym kształcie pozostawia zbyt wiele kwestii nierozstrzygniętych i wątpliwych. Przykładowo: ustawa nie definiuje pojęcia odpłatności, a pamiętać należy, że co do zasady opodatkowaniu podlegają odpłatna dostawa towarów i odpłatne świadczenie usług. Czy przekazanie udziałów lub akcji w spółce kapitałowej lub komandytowo-akcyjnej, w zamian za dokonanie aportu można uznać za wynagrodzenie, które decyduje o odpłatności wniesienia aportu? Równie skomplikowaną kwestią może się okazać wycena przedmiotu wkładu niepieniężnego dla potrzeb opodatkowania podatkiem od towarów i usług. Wątpliwości, której z wycen, netto czy brutto dać pierwszeństwo powinny zostać rozstrzygnięte przez ustawodawcę.