Złożony charakter przepisów prawa podatkowego sprawia, że podatnicy chętnie i często korzystają z możliwości uzyskania interpretacji indywidualnej przepisów prawa podatkowego wydanej, na podstawie upoważnienia Ministra Finansów, przez jednego z czterech Dyrektorów Izb Skarbowych: w Poznaniu, Bydgoszczy, Katowicach lub Warszawie. Powstaje pytanie jaki jest rzeczywisty charakter i zakres ochrony prawnej wynikający z zastosowania się wnioskodawcy do treści uzyskanej interpretacji indywidualnej. Temu właśnie zagadnieniu poświęcony jest niniejszy artykuł.

Naczelną zasadą jest zasada nieszkodzenia podatnikowi, w sytuacji gdy zastosował się do wydanej dla niego interpretacji indywidualnej (dotyczy to oczywiście stosowania się do danej interpretacji zanim została ona przez organ zmieniona lub zanim doręczono organowi prawomocne orzeczenie sądu administracyjnego uchylające daną interpretację). Zastosowanie się do interpretacji indywidualnej nie może szkodzić podatnikowi także w sytuacji, gdy jej treść nie została uwzględniona w rozstrzygnięciu sprawy podatkowej.

Dodatkową korzyścią dla podatnika jest, że w zakresie związanym z zastosowaniem się do interpretacji, która uległa zmianie, lub interpretacji nieuwzględnionej w rozstrzygnięciu sprawy podatkowej, nie wszczyna się postępowania w sprawach o przestępstwa skarbowe lub wykroczenia skarbowe, a postępowanie wszczęte w tych sprawach umarza się oraz nie nalicza się odsetek za zwłokę.

Zwolnienie z obowiązku zapłaty podatku w związku z zastosowaniem się do wydanej dla podatnika interpretacji indywidualnej ma miejsce, gdy skutki podatkowe związane ze zdarzeniem, któremu odpowiada stan faktyczny będący przedmiotem interpretacji miały miejsce po doręczeniu interpretacji indywidualnej.

Zakres działania powyższej zasady należy doprecyzować dla sytuacji, gdy skutki podatkowe związane ze zdarzeniem, któremu odpowiada stan faktyczny będący przedmiotem interpretacji, miały miejsce przed doręczeniem interpretacji indywidualnej. W takim bowiem wypadku zastosowanie się do tej interpretacji nie zwalnia z obowiązku zapłaty podatku.

Jeśli podatnik zastosuje się do interpretacji indywidualnej, która następnie została zmieniona lub nie została uwzględniona w rozstrzygnięciu sprawy podatkowej, może powstać sytuacja zwolnienia takiego podatnika z obowiązku zapłaty podatku w zakresie wynikającym ze zdarzenia będącego przedmiotem interpretacji.

Aby takie zwolnienie mogło znaleźć zastosowanie muszą zostać spełnione łącznie następujące warunki: zobowiązanie nie zostało prawidłowo wykonane w wyniku zastosowania się do interpretacji, która uległa zmianie, lub interpretacji nieuwzględnionej w rozstrzygnięciu sprawy podatkowej oraz skutki podatkowe związane ze zdarzeniem, któremu odpowiada stan faktyczny będący przedmiotem interpretacji, miały miejsce po doręczeniu interpretacji indywidualnej.

Praktyczny skutek zastosowania zwolnienia z obowiązku zapłaty podatku ma zróżnicowany zakres, w zależności od rodzaju podatku jakiego dotyczyła wydana interpretacja indywidualna. W przypadku rocznego rozliczenia podatków zwolnienie to obejmuje okres do końca roku podatkowego, w którym doręczono zmienioną interpretację indywidualną albo doręczono organowi podatkowemu odpis orzeczenia sądu administracyjnego uchylającego interpretację indywidualną ze stwierdzeniem jego prawomocności. W przypadku kwartalnego rozliczenia podatków zwolnienie obejmuje okres do końca kwartału, w którym doręczono zmienioną interpretację indywidualną albo doręczono organowi podatkowemu odpis orzeczenia sądu administracyjnego uchylającego interpretację indywidualną ze stwierdzeniem jego prawomocności, oraz kwartał następny. Wreszcie w przypadku miesięcznego rozliczenia podatków zwolnienie obejmuje okres do końca miesiąca, w którym doręczono zmienioną interpretację indywidualną albo doręczono organowi podatkowemu odpis orzeczenia sądu administracyjnego uchylającego interpretację indywidualną ze stwierdzeniem jego prawomocności, oraz miesiąc następny.

W takiej sytuacji więc, po zastosowaniu się podatnika do wydanej dla niego interpretacji indywidualnej i spełnieniu warunków do zastosowania zwolnienia z obowiązku zapłaty podatku podatnik składa organowi wniosek, by w decyzji określającej lub ustalającej wysokość zobowiązania podatkowego określił również wysokość podatku objętego tym zwolnieniem. W przypadku natomiast, gdy podatnik już uiścił podatek w zakresie objętym tym zwolnieniem – składa wniosek by organ określił wysokość nadpłaty.

W razie doręczenia organowi podatkowemu odpisu orzeczenia sądu administracyjnego uchylającego interpretację indywidualną ze stwierdzeniem jego prawomocności, organ informuje podatnika w formie pisemnej o dacie doręczenia i podaje informację z jakim dniem kończy się okres zwolnienia z obowiązku płacenia podatku wynikającego z uchylonej przez orzeczenie interpretacji.

Warto również wspomnieć o skutkach tak zwanej interpretacji milczącej. W razie niewydania interpretacji indywidualnej w terminie trzech miesięcy od otrzymania wniosku przez organ  uznaje się, że w dniu następującym po dniu, w którym upłynął termin wydania interpretacji, została wydana interpretacja stwierdzająca prawidłowość stanowiska wnioskodawcy w pełnym zakresie. Taka „milcząca” interpretacja indywidualna może jednak zostać zmieniona z urzędu przez Ministra Finansów, jeżeli stwierdzi jej nieprawidłowość, uwzględniając w szczególności orzecznictwo sądów, Trybunału Konstytucyjnego lub Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości.