Nie ustają spory wokół zgodności z Dyrektywą Rady nr 69/335 (dalej jako dyrektywa kapitałowa) przepisów polskiej ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych opodatkowującej podwyższenie kapitału w spółce kapitałowej w związku z wniesieniem aportu w postaci przedsiębiorstwa

zorganizowanej części przedsiębiorstwa. Wyroki, które zapadły dotychczas nie tworzą jednolitej linii orzeczniczej.

 Czy istnieje więc realna możliwość odzyskania zapłaconego podatku od czynności cywilnoprawnych?
Regulacja prawna w zakresie podatku od czynności cywilnoprawnych przewidująca, że podwyższenie kapitału zakładowego spółki podlega opodatkowaniu tym podatkiem wykazuje cechy niezgodności z art. 7 ust. 1 dyrektywy kapitałowej, który nakłada na państwa członkowskie Wspólnoty Europejskiej obowiązek zwolnienia z podatku kapitałowego operacji, które 1 lipca 1984 r. były zwolnione z podatku lub opodatkowane stawką 0,5% lub niższą. Niezgodność ta wywiedziona może być z takiej wykładni art. 7 ust. 1 dyrektywy kapitałowej, która interpretuje datę 1 lipca 1984 r. powołaną w treści tego przepisu jako mającą charakter techniczny a nie odsyłający do przepisów prawa krajowego obowiązujących w tej dacie. Podkreślić należy, że wykładnia prawa wspólnotowego, do jakiego należy dyrektywa kapitałowa, nie może się ograniczać jedynie do wykładni językowej ale wymaga także uwzględnienia celów regulacji prawnej i harmonizacji porządków prawnych państw członkowskich, które to elementy w założeniu mają doprowadzić do realizacji zasady swobody przepływu kapitału między państwami członkowskimi.
Bezspornym celem dyrektywy kapitałowej jest ograniczenie negatywnych wpływów regulacji podatkowych w zakresie podatków kapitałowych w poszczególnych państwach członkowskich na swobodę przepływu kapitału.
Tak więc interpretacja treści art. 7 ust. 1 dyrektywy kapitałowej w duchu harmonizacji podatków kapitałowych prowadzi do wniosku, że zwolnienie z podatku kapitałowego czynności podwyższenia kapitału zakładowego w wyniku wniesienia aportem przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części ma charakter obligatoryjny dla wszystkich państwa członkowskich. Błędna jest natomiast taka wykładania, która odnosi datę 1 lipca 1984 r. do przepisów prawa krajowego obowiązujących w państwach członkowskich w tej dacie. Związanie naszego kraju od dnia 1 maja 2004 r. postanowieniami Traktatów założycielskich, aktów prawnych przyjętych przez Wspólnotę Europejską i dorobku prawnego wynikającego z orzeczeń  Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości powoduje, że także Polska jest zobowiązana do zwolnienia z podatku kapitałowego takich czynności, które były w dniu 1 lipca 1984 r. na podstawie dyrektywy kapitałowej zwolnione od podatku.
Polskie organy podatkowe rozpatrując wnioski o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych złożone przez spółki, których kapitał zakładowy został podwyższony w związku z wniesieniem aportu w postaci przedsiębiorstwa lub zorganizowanej części nie powinny więc uchylać się od zwrotu nadpłaconego podatku ze wskazaniem, że przepisy polskie są zgodne z dyrektywą kapitałową. Dotychczasowa praktyka stosowania prawa w tym zakresie wskazuje jednak, że organy te stosują wykładnię profiskalną, a uwieńczenie sukcesem starań o zwrot nadpłaconego podatku wymaga zręczności w operowaniu argumentami prawnymi i nieustępliwej walki w sądzie administracyjnym o taką wykładnię obowiązujących przepisów, która będzie potwierdzeniem zakresu obowiązywania i prymatu prawa wspólnotowego nad prawem krajowym.